按照国际惯例，中央空调每年都应科学清洗保养一次，否则就会出现生物粘泥堵塞，进而影响中央空调制冷效果，浪费能源，增加维修费用。根据日本栗田水处理公司提供的资料，生垢0.2～0.5mm厚度，换热效率降低33%，中央空调运行耗能平均增加20%左右。
目前化学洗涤是清除中央空调水系统内水垢和污垢的最为有效的办法。中央空调清洗的范围主要包括：
清洗之前要对水质进行采样分析，调查了解设备正常运行使用情况，判断污垢主要成分，根据水质分析、系统材质和设备系统运行与结垢情况制订清洗方案。其具体操作步骤分为：
清水冲洗：启动系统循环水泵，用大流量的清水尽可能的冲洗掉系统中的灰尘、泥沙、脱落的藻类及腐蚀产物等疏松的污垢，以节约用清洗药剂量，降低清洗成本，为下一步的化学洗涤做准备。
杀菌剥离：排放出污水后补充清水，在循环水系统内的冷却塔和膨胀水箱中分别一次性的加入杀菌剥离剂，杀死系统中菌藻类微生物，并使设备、管道内表面附着的生物粘泥剥离脱落;通过水泵循环运行12～24小时，进行杀菌灭藻剥离污垢，最后从最低点排放污水。
清洗除垢：系统补入清水后加入具有溶垢、渗透与分散作用的清洗剂和清洗缓蚀剂，启动水泵将管道系统内的浮锈、水垢、油污等清洗下来，分散于水中，随水排出，还原清洁的金属表面。循环清洗两次，每次12小时，并要求加清水置换排污至浊度小于20ppm即视为清洗结束，最后将Y型过滤器上的过滤网拆开，蘸药剂手工清洗干净。
钝化或预膜：设备管道经过清洗后其金属表面处于十分活跃的活性状态，极易二次氧化锈蚀。A：若设备清洗后封存，则对设备做预膜钝化处理;B：若设备清洗后立即投入到正常的使用中，则需进行预膜缓蚀处理，以更好的保护洁净的金属表面防止氧化锈蚀。
采用专用预膜剂进行预膜处理时，系统先补入清水，并确认系统中水的浊度小于15ppm后，则于冷却塔或膨胀水箱处一次性投加具有分散作用的预膜剂，启动循环水泵运行72小时之后，在金属表明产生致密的聚合高分子保护膜;最后加水置换排污至浊度小于10ppm。这种预膜方式主要在敞开式冷却水系统中比较广泛应用。
若采用缓蚀剂来进行系统预膜时，系统先补入清水，并确认系统中水的浊度小于15ppm后，则于冷却塔或膨胀水箱处一次性大剂量的缓蚀剂，启动水泵循环运行48小时之后，使药剂能均匀分散于整个循环水系统中，在金属表明产生致密的聚合高分子保护膜，以起防蚀作用。其后可以直接转入日常水质稳定处理，无须再排污。这种预膜方式主要在密闭式的冷冻水系统中较为大范围的应用，这其实也就是冷冻水系统水质日常维护中投加缓蚀剂。
循环水系统清洗过程完成后，就进入了日常水质维护阶段，即通过加入水质稳定剂，降低金属材质生锈速率，抑制水中菌藻滋生，防止钙、镁盐结垢、沉淀，最大限度的保持设备和管道的金属表面清洁。这样就可减少中央空调清洗次数，延长设备的常规使用的寿命。